子宫内膜异位症属疑难病症，临床治疗比较复杂，必须在正规专科医生的指导下进行。对轻、中度患者和要求保留生育功能患者，以及绝经期卵巢功能衰退患者，宜采用药物治疗，以避免手术容易使子宫或附件发生黏连，影响怀孕。

治疗子宫内膜异位症的根本目的是“缩减和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发”。治疗方法应根据患者年龄、症状、病变部位和范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。症状轻或无症状的轻微病变可选用期待治疗；有生育要求的轻度患者经过全面诊断评估后可以先给予药物治疗；重者行保留生育功能手术；年轻无生育要求的重度患者，可行保留卵巢功能手术，并辅以性激素治疗；症状及病变均严重的无生育要求者，考虑行根治性手术。

(1)期待治疗。仅适用轻度内异症患者，采用定期随访，并对症处理病变引起的轻微经期腹痛，可给予于前列腺素合成酶抑制剂(吲哚美辛、萘普生、布洛芬)等；希望生育者一般不用期待治疗，应尽早促使其妊娠，一旦妊娠，异位内膜病灶坏死萎缩，分娩后症状缓解并有望治愈。

(2)药物治疗。包括抑制疼痛的对症治疗，抑制雌激素合成使异位内膜病灶萎缩的性激素治疗，适用于有慢性盆腔痛，经期痛经症状明显，有生育要求及无卵巢囊肿形成患者，服用孕激素使患者假孕或假绝经的性激素疗法，已成为临床治疗内导症的常用方法。但对较大的卵巢内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质未明者，宜采用手术治疗。