病学资料表明，尖锐湿疣与生殖器癌之间有着密切的关联。有报告指出，5%到10%的外阴、宫颈和肛周的尖锐湿疣经过一段时期后可出现间变和发展为原位癌或浸润癌。还发现15%阴茎癌、5%女性外阴癌是在原尖锐湿疣的基础上发生的，特别是宫颈癌，发生恶变者尤其与HPV-16、18、31、33型有关。巨大尖锐湿疣可继发癌变。

尖锐湿疣的治疗难度大，一般的疗法若是不能清除患者体内的深层病毒，那么疾病就很容易复发。而且，疾病长久复发下去，不仅会使得病情越来越重，诱发癌症的机会也越来越大。因此，患者一定要尽快到正规医院进行治疗，才能最大程度上避免癌变。

临床上，多采用物理和化学方法进行治疗。治疗方式主要是将肉眼所见的疣体去掉，但却无法将亚临床和潜伏的病毒去除。这就是导致尖锐湿疣复发的主要因素。

而且有些特殊的部位，比如肛门，肛管、尿道、宫颈、阴道等，因疣体暴露不全面，影响了医生的操作导致清除不够彻底。