目前自然界已知的HPV亚型达200多种。

有很多人感染了HPV后没有任何的症状或不适，而HPV也会通过自身的免疫力被清除。如果HPV无法被清除，持续感染，则可能引起相应的疾病。

某些HPV亚型偏好感染皮肤上皮，见于跖疣、寻常疣、扁平疣和屠夫疣（多发生在肉类、禽类和鱼类处理者中的寻常疣）。HPV 1、2和4型与跖疣和寻常疣相关。扁平疣最常由HPV 3型和10型引起，而屠夫疣最常与HPV 7型和2型有关。

一些HPV亚型偏好感染肛门生殖器角质化皮肤和黏膜。男性常见感染部位包括：阴茎、阴囊、会阴、肛管、肛周区等。

感染不同亚型HPV时，肛门生殖器疾病的表现也不同：

1、肛门生殖器疣（尖锐湿疣），最常由HPV 6型和11型引起。

2、肛门或阴茎的鳞状上皮内病变和/或癌，这一类与癌相关的HPV亚型，被称为高危型HPV。HPV 16型和18型引起近90%的肛门癌和高级别鳞状上皮内病变。

另外，HPV 16型可以感染口腔黏膜，研究显示其与口腔鳞状细胞癌有关。HPV 6型和11型可感染呼吸道黏膜，尤其是在婴幼儿中。