子宫内膜异位症与原发性痛经、子宫腺肌症、卵巢肿瘤、以及盆腔炎性肿块等疾病有相似之处，从多个方面进行详细检查进行判断。

（1）原发性痛经

早期的子宫内膜异位症易与原发痛经混淆，一般原发痛经的症状多发生于行经出血前，出血后数小时达高峰，一两天内消失，而子宫内膜异位症的疼痛常于经前开始，持续整个经期，甚至延至经后数日方消失。原发痛经为下腹正中的疼痛，而子宫内膜异位症为钝性胀痛及坠痛，可在正中，也可偏于一侧，且常向直肠、会阴和腰背部以及大腿放射。盆腔检查如发现小的触痛结节，则更有利于子宫内膜异位症的诊断，必要时作腹腔镜检查。

（2）子宫腺肌症

　子宫腺肌症的痛经症状与子宫内膜异位症非常相似，子宫腺肌症的周期性痛经更剧烈，疼痛多位于下腹正中，经血量多，持续时间长。妇科检查子宫多均匀性增大、不规则隆起结节、质地较硬，经期检查子宫触痛明显，B超有助于诊断。子宫腺肌症多与盆腔子宫内膜异位症并存。

（3）卵巢肿瘤

触摸卵巢肿瘤一般活动性比较好，不伴有痛经，子宫无增厚。而卵巢巧克力囊肿（也就是子宫内膜异位症）多因粘连而活动受限，伴有子宫增厚，宫骶韧带或子宫后方可触及痛性结节。卵巢癌可发现附件区有粘连性囊肿，子宫直肠窝并有结节，但一般无痛经，结节触痛不明显，病情发展快，可伴有腹水，血清CA125水平显著升高，B超及血清CA125(>100U/m1)检查有助于诊断，高度疑似卵巢癌患者应尽早行腹腔镜检查确诊。